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设置骚扰短信拦截后，法院的短信是否能过来，取决于拦截设置的具体方式和强度。
如果拦截设置较为宽松，或者白名单中包含了法院的相关号码，那么法院的短信可能会不被拦截而正常接收，如果拦截设置较为严格，且没有将法院号码添加到白名单中，那么可能会拦截法院的短信。
法院是重要的公共机构，其发送的短信通常具有重要性，为了确保接收法院的短信，建议在拦截设置中设置适当的过滤规则，或者将法院号码添加到允许接收短信的联系人列表中。
为了确保接收到所有重要的短信，包括法院的短信，建议谨慎设置骚扰短信拦截规则，或者根据发送方的号码或域名进行精细化设置。